Có một số tranh cãi về các kết quả của dự án. Một số phê phán cho rằng dự án này hỗ trợ cho quan niệm về một lịch sử 5.000 năm, không gián đoạn và đồng nhất của Trung Quốc, trong đó ba triều đại Hạ, Thương, Chu là các quốc gia lớn và hùng mạnh (đại dân tộc chủ nghĩa)—bỏ qua một thực tế là có thể có nhiều nhóm người khác (có lẽ cũng văn minh ngang như thế) đã tồn tại trên khắp cả Trung Quốc và Trung Á trong thời kỳ này[1] cũng như phục vụ cho mục đích chính trị nên bị hoài nghi về đạo đức học thuật, chẳng hạn David S. Nivison, giáo sư danh dự của Đại học Stanford đã phát biểu rằng "These are going to be seen as the dates pronounced to be correct by the Chinese government... For the government of China to be in this position may poison scholarship for generations." [2] hay Edward L. Shaughnessy, một sử gia từ Đại học Chicago, đã phát biểu rằng "There's a chauvinistic desire to push the historical record back into the third millennium B.C., putting China on a par with Egypt... It's much more a political and a nationalistic urge than a scholarly one."[2].

Các tranh cãi kỹ thuật liên quan tới các vấn đề sau:

• Thứ nhất, các ranh giới khảo cổ học giữa nhà Hạ với nhà Thương và giữa nhà Thương với nhà Chu đã bị tranh cãi, một phần là do các phương pháp được chấp nhận trong xác định niên đại bằng cacbon phóng xạ.
• Thứ hai, các niên đại theo cacbon phóng xạ nói chung chỉ có thể đưa ra độ tin cậy ở mức 68%, thay vì ngưỡng tiêu chuẩn độ tin cậy 95%; điều này làm cho các khoảng ngày tháng hẹp hơn so với ngưỡng mà chúng lẽ ra phải có một cách chính xác hơn[3]
• Thứ ba, tính toán thiên văn chủ yếu (cho nhật thực năm 899 TCN) là không chính xác[4][5]
• Thứ tư, người ta cho rằng các cơ sở tài liệu thiên văn của dự án là thiếu cơ sở. Điều này một phần là do các nghi ngờ từ lâu về độ tin cậy và các diễn giải của các ghi chép lịch sử sử dụng trong các suy luận[4][5]. Mặt khác, điều này cũng một phần là do việc sử dụng có tính chọn lọc các ghi chép sử học giả định (mà nếu sử dụng ở trạng thái nguyên vẹn của nó, có thể hoàn toàn không có giải đáp).
• Thứ năm, các thay đổi giả định đã được đưa vào trong các chữ khắc trên các chai lọ bằng đồng thanh, điều này ảnh hưởng tới độ tin cậy của niên đại tổng thể.
• Thứ sáu, sự thiếu hiểu biết về lịch pháp cổ đại đã làm rắc rối và phức tạp vấn đề[4].